弊社では、気密測定を2回することを原則としています。
もし、高断熱高気密の施工を初めてする施工者の場合は3回をお奨めしています。

1度しかしないのであれば、中間時をお奨めします。
工程的には断熱工事と気密工事と防湿層の工事が終わった後です。
この段階で測定したら、もし数値が悪くても手直しして目標値に近づけることができます。

石膏ボードを貼った後だと、手直しすることが大変です。
もし、漏気場所を発見しても工事が進んでいるところを壊して補修しなければならなくなります。
空気は見えないので、見た目上問題ないように見えても、意外と隙間を埋めるのを忘れていることは多いものです。

中間時で数値を担保したうえで、完成時に測定するのがよいと思います。
完成時に測定をし、中間時と比較することによってその後の工事に問題がなかったか振り返ることができます。

JISではレンジフードや換気装置は目張りして測定することが決められていますが、目張りをせずに測定してみることをお奨めします。
目張りをすると住んでいる状態より有利な状態で測定することになりますし、そうすることによって設備の気密性も判断がつくようになります。

例えばレンジフードのダンパーや浴室の換気乾燥機、外とつながっているわけですから性能が悪いと快適性が下がるだけではなく、結露の発生原因になってしまいます。

なお、初めてトライする方にお奨めなのは、防風層の工事が終わった段階で測定することです。
つまり、屋根・壁の合板を貼って透湿防水シート（タイベック）を貼った段階です。

ここで徹底的に隙間を潰しておくと、かなりよい気密性能を達成することができます。
実は防湿層の工事が終わった段階だと、経験上いくらがんばっても限界があります。